CGUIHMM类 参考

详细描述

UI HMM (Hidden Markov Model)

在文件 GUIHMM.h 第 26 行定义.

类 CGUIHMM 继承关系图:

Public 成员函数
	CGUIHMM ()
	CGUIHMM (CSGInterface *interface)
	~CGUIHMM ()
bool	new_hmm (int32_t n, int32_t m)
bool	load (char *filename)
bool	save (char *filename, bool is_binary=false)
bool	set_num_hmm_tables (char *param)
bool	baum_welch_train ()
bool	baum_welch_trans_train ()
bool	baum_welch_train_defined ()
bool	viterbi_train_defined ()
bool	viterbi_train ()
bool	linear_train (char align='l')
bool	linear_train_from_file (char *param)
bool	append_model (char *filename, int32_t base1=-1, int32_t base2=-1)
bool	add_states (int32_t num_states=1, float64_t value=0)
bool	set_hmm_as (char *target)
bool	set_pseudo (float64_t pseudo)
bool	convergence_criteria (int32_t num_iterations=100, float64_t epsilon=0.001)
bool	output_hmm ()
bool	output_hmm_defined ()
bool	best_path (int32_t from=0, int32_t to=100)
bool	normalize (bool keep_dead_states=false)
bool	save_path (char *filename, bool is_binary=false)
bool	save_likelihood (char *filename, bool is_binary=false)
bool	load_definitions (char *filename, bool do_init=false)
bool	set_max_dim (char *param)
bool	likelihood ()
bool	chop (float64_t value)
bool	relative_entropy (float64_t *&values, int32_t &len)
bool	entropy (float64_t *&values, int32_t &len)
bool	permutation_entropy (int32_t width=0, int32_t seq_num=-1)
CHMM *	get_pos ()
CHMM *	get_neg ()
CHMM *	get_test ()
void	set_current (CHMM *h)
CHMM *	get_current ()
float64_t	get_pseudo ()
CRegressionLabels *	classify (CRegressionLabels *output=NULL)
float64_t	classify_example (int32_t idx)
CRegressionLabels *	one_class_classify (CRegressionLabels *output=NULL)
CRegressionLabels *	linear_one_class_classify (CRegressionLabels *output=NULL)
float64_t	one_class_classify_example (int32_t idx)
virtual const char *	get_name () const
virtual CSGObject *	shallow_copy () const
virtual CSGObject *	deep_copy () const
virtual bool	is_generic (EPrimitiveType *generic) const
template<class T >
void	set_generic ()
template<>
void	set_generic ()
template<>
void	set_generic ()
template<>
void	set_generic ()
template<>
void	set_generic ()
template<>
void	set_generic ()
template<>
void	set_generic ()
template<>
void	set_generic ()
template<>
void	set_generic ()
template<>
void	set_generic ()
template<>
void	set_generic ()
template<>
void	set_generic ()
template<>
void	set_generic ()
template<>
void	set_generic ()
template<>
void	set_generic ()
template<>
void	set_generic ()
void	unset_generic ()
virtual void	print_serializable (const char *prefix="")
virtual bool	save_serializable (CSerializableFile *file, const char *prefix="")
virtual bool	load_serializable (CSerializableFile *file, const char *prefix="")
void	set_global_io (SGIO *io)
SGIO *	get_global_io ()
void	set_global_parallel (Parallel *parallel)
Parallel *	get_global_parallel ()
void	set_global_version (Version *version)
Version *	get_global_version ()
SGStringList< char >	get_modelsel_names ()
void	print_modsel_params ()
char *	get_modsel_param_descr (const char *param_name)
index_t	get_modsel_param_index (const char *param_name)
void	build_gradient_parameter_dictionary (CMap< TParameter *, CSGObject * > *dict)
virtual void	update_parameter_hash ()
virtual bool	parameter_hash_changed ()
virtual bool	equals (CSGObject *other, float64_t accuracy=0.0, bool tolerant=false)
virtual CSGObject *	clone ()

Public 属性
SGIO *	io
Parallel *	parallel
Version *	version
Parameter *	m_parameters
Parameter *	m_model_selection_parameters
Parameter *	m_gradient_parameters
uint32_t	m_hash

Protected 成员函数
bool	converge (float64_t x, float64_t y)
void	switch_model (CHMM **m1, CHMM **m2)
virtual void	load_serializable_pre () throw (ShogunException)
virtual void	load_serializable_post () throw (ShogunException)
virtual void	save_serializable_pre () throw (ShogunException)
virtual void	save_serializable_post () throw (ShogunException)

Protected 属性
CHMM *	working
CHMM *	pos
CHMM *	neg
CHMM *	test
float64_t	PSEUDO
int32_t	M
CSGInterface *	ui

构造及析构函数说明

CGUIHMM

(

)

constructor

在文件 GUIHMM.h 第 30 行定义.

CGUIHMM

(

CSGInterface *

interface

)

constructor

参数

interface

在文件 GUIHMM.cpp 第 26 行定义.

~CGUIHMM

(

)

destructor

在文件 GUIHMM.cpp 第 39 行定义.

成员函数说明

bool add_states	(	int32_t	num_states = 1,
		float64_t	value = 0
	)

add states to HMM

在文件 GUIHMM.cpp 第 308 行定义.

bool append_model	(	char *	filename,
		int32_t	base1 = -1,
		int32_t	base2 = -1
	)

append HMM/model for CmdlineInterface

在文件 GUIHMM.cpp 第 254 行定义.

bool baum_welch_train

(

)

train Baum-Welch

在文件 GUIHMM.cpp 第 52 行定义.

bool baum_welch_train_defined

(

)

train Baum-Welch defined

在文件 GUIHMM.cpp 第 91 行定义.

bool baum_welch_trans_train

(

)

train Baum-Welch trans

在文件 GUIHMM.cpp 第 73 行定义.

bool best_path	(	int32_t	from = 0,
		int32_t	to = 100
	)

print best path

在文件 GUIHMM.cpp 第 535 行定义.

void build_gradient_parameter_dictionary ( CMap< TParameter *, CSGObject * > *  dict )

inherited

Builds a dictionary of all parameters in SGObject as well of those of SGObjects that are parameters of this object. Dictionary maps parameters to the objects that own them.

参数

dict	dictionary of parameters to be built.

在文件 SGObject.cpp 第 597 行定义.

bool chop

(

float64_t

value

)

chop HMM

在文件 GUIHMM.cpp 第 499 行定义.

CRegressionLabels * classify

(

CRegressionLabels *

output = NULL

)

classify

参数

output

在文件 GUIHMM.cpp 第 149 行定义.

float64_t classify_example

(

int32_t

idx

)

classify example

参数

idx

在文件 GUIHMM.cpp 第 173 行定义.

CSGObject * clone ( )

virtualinherited

Creates a clone of the current object. This is done via recursively traversing all parameters, which corresponds to a deep copy. Calling equals on the cloned object always returns true although none of the memory of both objects overlaps.

返回

an identical copy of the given object, which is disjoint in memory. NULL if the clone fails. Note that the returned object is SG_REF'ed

在文件 SGObject.cpp 第 714 行定义.

bool converge ( float64_t  x, float64_t  y  )

protected

converge

参数

x
y

bool convergence_criteria	(	int32_t	num_iterations = 100,
		float64_t	epsilon = 0.001
	)

set convergence criteria

在文件 GUIHMM.cpp 第 325 行定义.

CSGObject * deep_copy ( ) const

virtualinherited

A deep copy. All the instance variables will also be copied.

在文件 SGObject.cpp 第 198 行定义.

bool entropy	(	float64_t *&	values,
		int32_t &	len
	)

entropy

参数

values
len

在文件 GUIHMM.cpp 第 599 行定义.

bool equals ( CSGObject *  other, float64_t  accuracy = 0.0, bool  tolerant = false  )

virtualinherited

Recursively compares the current SGObject to another one. Compares all registered numerical parameters, recursion upon complex (SGObject) parameters. Does not compare pointers!

May be overwritten but please do with care! Should not be necessary in most cases.

参数

other	object to compare with
accuracy	accuracy to use for comparison (optional)
tolerant	allows linient check on float equality (within accuracy)

返回

true if all parameters were equal, false if not

在文件 SGObject.cpp 第 618 行定义.

CHMM* get_current

(

)

get current

在文件 GUIHMM.h 第 131 行定义.

SGIO * get_global_io ( )

inherited

get the io object

返回

io object

在文件 SGObject.cpp 第 235 行定义.

Parallel * get_global_parallel ( )

inherited

get the parallel object

返回

parallel object

在文件 SGObject.cpp 第 277 行定义.

Version * get_global_version ( )

inherited

get the version object

返回

version object

在文件 SGObject.cpp 第 290 行定义.

SGStringList< char > get_modelsel_names ( )

inherited

返回

vector of names of all parameters which are registered for model selection

在文件 SGObject.cpp 第 498 行定义.

char * get_modsel_param_descr ( const char *  param_name )

inherited

Returns description of a given parameter string, if it exists. SG_ERROR otherwise

参数

param_name

name of the parameter

返回

description of the parameter

在文件 SGObject.cpp 第 522 行定义.

index_t get_modsel_param_index ( const char *  param_name )

inherited

Returns index of model selection parameter with provided index

参数

param_name

name of model selection parameter

返回

index of model selection parameter with provided name, -1 if there is no such

在文件 SGObject.cpp 第 535 行定义.

virtual const char* get_name ( ) const

virtual

返回

object name

实现了 CSGObject.

在文件 GUIHMM.h 第 157 行定义.

CHMM* get_neg

(

)

get neg

在文件 GUIHMM.h 第 123 行定义.

CHMM* get_pos

(

)

get pos

在文件 GUIHMM.h 第 121 行定义.

float64_t get_pseudo

(

)

get pseudo

在文件 GUIHMM.h 第 133 行定义.

CHMM* get_test

(

)

get test

在文件 GUIHMM.h 第 125 行定义.

bool is_generic ( EPrimitiveType *  generic ) const

virtualinherited

If the SGSerializable is a class template then TRUE will be returned and GENERIC is set to the type of the generic.

参数

generic

set to the type of the generic if returning TRUE

返回

TRUE if a class template.

在文件 SGObject.cpp 第 296 行定义.

bool likelihood

(

)

HMM likelihood

在文件 GUIHMM.cpp 第 508 行定义.

CRegressionLabels * linear_one_class_classify

(

CRegressionLabels *

output = NULL

)

linear one class classify

参数

output

在文件 GUIHMM.cpp 第 213 行定义.

bool linear_train

(

char

align = 'l'

)

linear train

参数

align

在文件 GUIHMM.cpp 第 121 行定义.

bool linear_train_from_file

(

char *

param

)

linear train from file

参数

param

bool load

(

char *

filename

)

load HMM from file

在文件 GUIHMM.cpp 第 366 行定义.

bool load_definitions	(	char *	filename,
		bool	do_init = false
	)

load definitions

参数

filename
do_init

在文件 GUIHMM.cpp 第 416 行定义.

bool load_serializable ( CSerializableFile *  file, const char *  prefix = ""  )

virtualinherited

Load this object from file. If it will fail (returning FALSE) then this object will contain inconsistent data and should not be used!

参数

file	where to load from
prefix	prefix for members

返回

TRUE if done, otherwise FALSE

在文件 SGObject.cpp 第 369 行定义.

void load_serializable_post ( ) throw ( ShogunException )

protectedvirtualinherited

Can (optionally) be overridden to post-initialize some member variables which are not PARAMETER::ADD'ed. Make sure that at first the overridden method BASE_CLASS::LOAD_SERIALIZABLE_POST is called.

异常

ShogunException

will be thrown if an error occurs.

被 CKernel, CWeightedDegreePositionStringKernel, CList, CAlphabet, CLinearHMM, CGaussianKernel, CInverseMultiQuadricKernel, CCircularKernel , 以及 CExponentialKernel 重载.

在文件 SGObject.cpp 第 426 行定义.

void load_serializable_pre ( ) throw ( ShogunException )

protectedvirtualinherited

Can (optionally) be overridden to pre-initialize some member variables which are not PARAMETER::ADD'ed. Make sure that at first the overridden method BASE_CLASS::LOAD_SERIALIZABLE_PRE is called.

异常

ShogunException

will be thrown if an error occurs.

被 CDynamicArray< T >, CDynamicArray< float64_t >, CDynamicArray< float32_t >, CDynamicArray< int32_t >, CDynamicArray< char >, CDynamicArray< bool > , 以及 CDynamicObjectArray 重载.

在文件 SGObject.cpp 第 421 行定义.

bool new_hmm	(	int32_t	n,
		int32_t	m
	)

create new HMM

在文件 GUIHMM.cpp 第 44 行定义.

bool normalize

(

bool

keep_dead_states = false

)

normalize

参数

keep_dead_states

在文件 GUIHMM.cpp 第 555 行定义.

CRegressionLabels * one_class_classify

(

CRegressionLabels *

output = NULL

)

one class classify

参数

output

在文件 GUIHMM.cpp 第 191 行定义.

float64_t one_class_classify_example

(

int32_t

idx

)

one class classfiy example

参数

idx

在文件 GUIHMM.cpp 第 236 行定义.

bool output_hmm

(

)

output HMM

在文件 GUIHMM.cpp 第 517 行定义.

bool output_hmm_defined

(

)

output HMM defined

在文件 GUIHMM.cpp 第 526 行定义.

bool parameter_hash_changed ( )

virtualinherited

返回

whether parameter combination has changed since last update

在文件 SGObject.cpp 第 262 行定义.

bool permutation_entropy	(	int32_t	width = 0,
		int32_t	seq_num = -1
	)

define permutation entropy

在文件 GUIHMM.cpp 第 624 行定义.

void print_modsel_params ( )

inherited

prints all parameter registered for model selection and their type

在文件 SGObject.cpp 第 474 行定义.

void print_serializable ( const char *  prefix = "" )

virtualinherited

prints registered parameters out

参数

prefix

prefix for members

在文件 SGObject.cpp 第 308 行定义.

bool relative_entropy	(	float64_t *&	values,
		int32_t &	len
	)

relative entropy

参数

values
len

在文件 GUIHMM.cpp 第 564 行定义.

bool save	(	char *	filename,
		bool	is_binary = false
	)

save HMM to file

在文件 GUIHMM.cpp 第 389 行定义.

bool save_likelihood	(	char *	filename,
		bool	is_binary = false
	)

save HMM likelihood to file

..future

在文件 GUIHMM.cpp 第 438 行定义.

bool save_path	(	char *	filename,
		bool	is_binary = false
	)

save path

参数

filename
is_binary

..future

在文件 GUIHMM.cpp 第 467 行定义.

bool save_serializable ( CSerializableFile *  file, const char *  prefix = ""  )

virtualinherited

Save this object to file.

参数

file	where to save the object; will be closed during returning if PREFIX is an empty string.
prefix	prefix for members

返回

TRUE if done, otherwise FALSE

在文件 SGObject.cpp 第 314 行定义.

void save_serializable_post ( ) throw ( ShogunException )

protectedvirtualinherited

Can (optionally) be overridden to post-initialize some member variables which are not PARAMETER::ADD'ed. Make sure that at first the overridden method BASE_CLASS::SAVE_SERIALIZABLE_POST is called.

异常

ShogunException

will be thrown if an error occurs.

被 CKernel 重载.

在文件 SGObject.cpp 第 436 行定义.

void save_serializable_pre ( ) throw ( ShogunException )

protectedvirtualinherited

Can (optionally) be overridden to pre-initialize some member variables which are not PARAMETER::ADD'ed. Make sure that at first the overridden method BASE_CLASS::SAVE_SERIALIZABLE_PRE is called.

异常

ShogunException

will be thrown if an error occurs.

被 CKernel, CDynamicArray< T >, CDynamicArray< float64_t >, CDynamicArray< float32_t >, CDynamicArray< int32_t >, CDynamicArray< char >, CDynamicArray< bool > , 以及 CDynamicObjectArray 重载.

在文件 SGObject.cpp 第 431 行定义.

void set_current

(

CHMM *

h

)

set current

参数

h

在文件 GUIHMM.h 第 129 行定义.

void set_generic ( )

inherited

在文件 SGObject.cpp 第 41 行定义.

void set_generic ( )

inherited

在文件 SGObject.cpp 第 46 行定义.

void set_generic ( )

inherited

在文件 SGObject.cpp 第 51 行定义.

void set_generic ( )

inherited

在文件 SGObject.cpp 第 56 行定义.

void set_generic ( )

inherited

在文件 SGObject.cpp 第 61 行定义.

void set_generic ( )

inherited

在文件 SGObject.cpp 第 66 行定义.

void set_generic ( )

inherited

在文件 SGObject.cpp 第 71 行定义.

void set_generic ( )

inherited

在文件 SGObject.cpp 第 76 行定义.

void set_generic ( )

inherited

在文件 SGObject.cpp 第 81 行定义.

void set_generic ( )

inherited

在文件 SGObject.cpp 第 86 行定义.

void set_generic ( )

inherited

在文件 SGObject.cpp 第 91 行定义.

void set_generic ( )

inherited

在文件 SGObject.cpp 第 96 行定义.

void set_generic ( )

inherited

在文件 SGObject.cpp 第 101 行定义.

void set_generic ( )

inherited

在文件 SGObject.cpp 第 106 行定义.

void set_generic ( )

inherited

在文件 SGObject.cpp 第 111 行定义.

void set_generic ( )

inherited

set generic type to T

void set_global_io ( SGIO *  io )

inherited

set the io object

参数

io	io object to use

在文件 SGObject.cpp 第 228 行定义.

void set_global_parallel ( Parallel *  parallel )

inherited

set the parallel object

参数

parallel

parallel object to use

在文件 SGObject.cpp 第 241 行定义.

void set_global_version ( Version *  version )

inherited

set the version object

参数

version

version object to use

在文件 SGObject.cpp 第 283 行定义.

bool set_hmm_as

(

char *

target

)

set HMM as POS/NEG/TEST

在文件 GUIHMM.cpp 第 337 行定义.

bool set_max_dim

(

char *

param

)

set max dim

参数

param

bool set_num_hmm_tables

(

char *

param

)

set num hmm tables

参数

param

bool set_pseudo

(

float64_t

pseudo

)

set HMM pseudo

在文件 GUIHMM.cpp 第 318 行定义.

CSGObject * shallow_copy ( ) const

virtualinherited

A shallow copy. All the SGObject instance variables will be simply assigned and SG_REF-ed.

被 CGaussianKernel 重载.

在文件 SGObject.cpp 第 192 行定义.

void switch_model ( CHMM **  m1, CHMM **  m2  )

protected

switch model

参数

m1
m2

void unset_generic ( )

inherited

unset generic type

this has to be called in classes specializing a template class

在文件 SGObject.cpp 第 303 行定义.

void update_parameter_hash ( )

virtualinherited

Updates the hash of current parameter combination

在文件 SGObject.cpp 第 248 行定义.

bool viterbi_train

(

)

train Viterbi

在文件 GUIHMM.cpp 第 101 行定义.

bool viterbi_train_defined

(

)

train Viterbi defined

在文件 GUIHMM.cpp 第 111 行定义.

类成员变量说明

SGIO* io

inherited

io

在文件 SGObject.h 第 369 行定义.

int32_t M

protected

M

在文件 GUIHMM.h 第 184 行定义.

Parameter* m_gradient_parameters

inherited

parameters wrt which we can compute gradients

在文件 SGObject.h 第 384 行定义.

uint32_t m_hash

inherited

Hash of parameter values

在文件 SGObject.h 第 387 行定义.

Parameter* m_model_selection_parameters

inherited

model selection parameters

在文件 SGObject.h 第 381 行定义.

Parameter* m_parameters

inherited

parameters

在文件 SGObject.h 第 378 行定义.

CHMM* neg

protected

neg

在文件 GUIHMM.h 第 177 行定义.

Parallel* parallel

inherited

parallel

在文件 SGObject.h 第 372 行定义.

CHMM* pos

protected

pos

在文件 GUIHMM.h 第 175 行定义.

float64_t PSEUDO

protected

pseudo

在文件 GUIHMM.h 第 182 行定义.

CHMM* test

protected

test

在文件 GUIHMM.h 第 179 行定义.

CSGInterface* ui

protected

ui

在文件 GUIHMM.h 第 188 行定义.

Version* version

inherited

version

在文件 SGObject.h 第 375 行定义.

CHMM* working

protected

working

在文件 GUIHMM.h 第 172 行定义.

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该类的文档由以下文件生成:

• GUIHMM.h
• GUIHMM.cpp